Florín sigue al frente del equipo, tras muchos años se recupera la tradicional camiseta con la franja en el pecho, Santa Cruz sigue cambiando de imagen y se comienza a remodelar la tribuna este. El equipo de mano levanta muchas expectativas y se presenta una campaña tranquila a priori, pero los malos resultados de la primera vuelta condenan al equipo a los puestos de descenso y Florín es sustituido por Brasi, que poco a poco se hace con el equipo y logra salvar la categoría a falta de dos jornadas para el final tras vencer 1 a 2 al Real Tapia.

    La temporada 2006/2007 arranca muy irregular en cuanto a los resultados, el equipo al que dirige Brasi, no consigue encadenar dos resultados positivos que le saquen de los puestos de descenso, a falta de dos meses para el término de la campaña el técnico en acuerdo con la directiva decide dejar el equipo su sustituto es Bernardo, que consigue encadenar una serie de resultados positivos que sacan al equipo de la zona de descenso directo, pero el descenso a tercera del Real Oviedo y de la Universidad, sumado a que ninguno de los cuatro equipos asturianos consigue subir a segunda B acaban con el Indus en Regional Preferente.

     La campaña 2007/2008 en regional preferente, nace con el objetivo de regresar a Tercera División como no puede ser de otra manera para este club. Pero no es una temporada fácil para la primera plantilla, primero las lesiones de rodilla de dos jugadores importantes como Edu y Hugo Fuentes, luego la dimisión por sorpresa y de forma poco ortodoxa de Bernardo que deja sin rumbo al equipo a dos días de disputar un partido de liga en La Caridad, Floro dirige al equipo en El Este, para que luego se haga cargo del equipo Nene Ballina que debuta con victoria en casa frente al Pumarín. A los lesionados de rodilla se suma Jorge Castro y en ese mismo partido frente al Universidad "B" el arbitro recoge en el acta que un seguidor golpeo en la espalda a uno de sus linieres, acarreando el cierre del campo de Santa Cruz por primera vez en sus sesenta años de historia, paradójicamente al día siguiente el juvenil juega en Santa Cruz un seguidor empuja al colegiado y el campo es clausurado también para el segundo equipo del club. El partido del exilio se disputa en el Anexo La Mata de Candás donde se vence por 3 a 0 al L´Entregu. La mala fortuna sigue apoderándose de la plantilla albigrana, y en esta ocasión es Pablo el que se suma a los lesionados de larga duración con otra lesión de rodilla. Tras el partido en el exilio, el primer equipo sigue con su imparable racha como local convirtiéndose en el mejor equipo de la liga en casa donde solo pierde catorce puntos y encaja trece goles, el fortín en el que se convierte Santa Cruz es clave para lograr el objetivo de regresar a Tercera División. Y como no, este llego en casa frente a La Caridad. En un partido vibrante, donde los goles de Javi en el minuto 42 y el de Mori en el descuento sirvieron para remontar el gol inicial de Alex a los cuatro minutos. Lo que provoco el delirio en un Santa Cruz que presento una gran entrada con más de mil espectadores y un ambiente extraordinario. La alineación que logro el quinto ascenso a Tercera División en la historia del club fue la formada por: Costales, Mori, Sergio, Nacho, Fredi (Rubén), Rieu, Tuero, Javi (Juan Carlos), Diego Arias, Josín (Dueñas) y Viti (Diego).