El siglo XXI comienza con el objetivo del retorno a Tercera, el equipo que entrena Villa comienza muy bien la liga y esta en los puestos altos de la clasificación pero en el último tercio del campeonato el equipo se deshincha y se aleja de los puestos de ascenso, lo que supone la destitución de Joaquín Villa. Enzo Ferrero se hace cargo del equipo que acaba quinto. Ferrero es hasta la fecha el entrenador que más tiempo ha ocupado el banquillo de Santa Cruz. En la siguiente campaña con una plantilla totalmente renovada y después de mucho tiempo sin cesiones del Real Sporting, el Industrial acaba segundo tras el Hispano y retorna a Tercera División. El partido que culminó con el ascenso fue en Santa Cruz frente Al Nalón de Olloniego, el resultado fue de 2 a 0 los dos goles obra de Diego. El once estuvo formado por Evaristo, Quesada, Gonzalo, Robles, Chavi, Pablo Suárez, Edu, Ture, Neki, Roberto y Diego también participaron, Miguel, Oli y Juan Carlos.

    Con el regreso a Tercera dos campañas después, el conjunto albigrana con un equipo muy joven pero con mucha proyección se convirtió en el conjunto revelación de la categoría acabando la liga en séptima posición ocupando plaza de Copa Federación.

    La temporada 2003/04 arranca de lo más movida, el Real Oviedo desciende a tercera y la categoría se mediatiza. El sorteo depara que la primera salida del Real Oviedo fuera de la capital asturiana es a Santa Cruz, la gran demanda de localidades al club sobrepasa el aforo del campo de Jove. Lo que hace a la junta directiva intentar trasladar el partido al estadio de El Molinón, aconsejado también por las fuerzas de seguridad debido al anuncio de la presencia de grupos ultra en el Campo de Santa Cruz, que no da las medidas de seguridad más apropiadas para albergar un partido declarado de alto riesgo por la delegación del gobierno en Asturias. Tras varias reuniones con la federación Asturiana de fútbol y la delegación del gobierno el partido se suspende por motivos de seguridad y la protesta de otros clubs de la categoría impide que el partido se dispute en El Molinón y que tenga que jugarse en el campo oficial que el club inscribió al comienzo del campeonato. El partido acaba disputándose el sábado 6 de diciembre en Santa Cruz como al final determino la Federación Asturiana. El Real Oviedo comenzó adelantándose en el marcador para que posteriormente marcara el gol del empate Ture llevando el delirio a las gradas. La temporada acaba con el adiós de Enzo Ferrero en el banquillo de Santa Cruz y de Juan Molina en la presidencia del club.

    Arranca un nuevo periodo en la historia del U.D. Gijón Industrial, de la mano de Víctor Molina como presidente el club busca integrarse aún más en el barrio, comienza la remodelación del campo de Santa Cruz, y en lo deportivo Florín, un entrenador de La Calzada se hace cargo del equipo. El objetivo para esta temporada no es otro que la permanencia y tras una campaña de mucho sufrimiento esta se logra a falta de dos jornadas para el final después de vencer al Real Sporting "B" por 2 a 1 en Santa Cruz. En lo económico el club salda la deuda acumulada de ejercicios anteriores.